Jak przygotować się do kontroli skarbowej: o jakie dokumenty prosi urząd skarbowy?

Kontrola skarbowa: o jakie dokumenty urząd prosi najczęściej?

Wezwanie do kontroli może być zaskakujące dla przedsiębiorcy. Fiskus w praktyce może zażądać niemal każdego dokumentu związanego z przedmiotem kontroli, ale w zdecydowanej większości spraw pyta o te same kilka kategorii: księgi podatkowe, faktury, dowody zapłaty, umowy czy dokumentację kadrową. Poniżej lista dokumentów, które warto mieć uporządkowane, zanim urzędnik przekroczy próg firmy.

Podstawa prawna żądania dokumentów przy kontroli skarbowej

Kontrola celno-skarbowa to odrębna procedura od kontroli podatkowej – reguluje ją nie Ordynacja podatkowa, lecz ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (ustawa o KAS), konkretnie jej art. 54–94.

Przeprowadza ją naczelnik urzędu celno-skarbowego, a wszczęcie następuje z dniem doręczenia upoważnienia wydanego na podstawie art. 62 ust. 1 ustawy o KAS, co do zasady bez wcześniejszego zawiadomienia podatnika.

Kontrolowany ma w tej procedurze mniej praw i więcej obowiązków niż w przypadku kontroli podatkowej. Ustawa o KAS nakłada na niego m.in. obowiązek zapewnienia dostępu do pomieszczeń i miejsc objętych kontrolą, udostępnienia środków łączności w niezbędnym zakresie oraz umożliwienia nieodpłatnego sporządzania kopii, szkiców, filmowania, fotografowania i nagrywania dźwięku, jeśli może to stanowić dowód w sprawie.

Czynności kontrolne mogą być prowadzone praktycznie w każdym miejscu związanym z działalnością kontrolowanego – w siedzibie firmy, w miejscu przechowywania ksiąg podatkowych, a nawet w lokalu mieszkalnym, jeśli mogą się tam znajdować dokumenty lub towary objęte kontrolą.

Odmowa udostępnienia dokumentów objętych zakresem upoważnienia jest działaniem bezprawnym i naraża podatnika na dodatkowe konsekwencje w toku kontroli celno-skarbowej.

Księgi podatkowe i ewidencje to pierwszy punkt każdej kontroli

Niezależnie od branży i zakresu kontroli najczęściej kontrolujący zaczyna od weryfikacji podstawowej dokumentacji ewidencyjnej:

• Podatkowej księgi przychodów i rozchodów lub ksiąg rachunkowych, prowadzonych zgodnie z aktualnym rozporządzeniem obowiązującym od 1 stycznia 2026 r.,
• Ewidencji VAT sprzedaży i zakupu wraz z plikami JPK_V7,
• Ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych,
• Rejestrów kasowych i wyciągów z terminali płatniczych.

Rozbieżność między danymi z JPK a treścią ksiąg to jeden z najczęstszych sygnałów, który w ogóle inicjuje kontrolę. Algorytmy Krajowej Administracji Skarbowej porównują te źródła automatycznie, jeszcze zanim kontrola skarbowa pojawi się w firmie.

Czy kontrola celno-skarbowa sprawdza faktury i dowody księgowe?

Druga grupa to dokumentacja źródłowa potwierdzająca poszczególne zapisy w księgach: faktury sprzedaży i zakupu, faktury korygujące, noty księgowe, dowody wewnętrzne oraz potwierdzenia zapłaty, takie jak np. wyciągi bankowe, potwierdzenia przelewów, raporty kasowe. Kontrolujący zestawia je z zapisami księgowymi pozycja po pozycji, szukając rozbieżności w datach, kwotach lub kontrahentach.

Po wdrożeniu Krajowego Systemu e-Faktur fiskus ma dostęp do części tej dokumentacji jeszcze zanim wezwie podatnika. W praktyce skraca czas typowania nieprawidłowości, ale nie zwalnia z obowiązku udostępnienia dokumentów uzupełniających, takich jak dowody zapłaty czy dokumenty magazynowe.

Czy umowy i korespondencja handlowa mogą być przedmiotem kontroli skarbowej?

Coraz częściej kontrola nie kończy się na formalnej poprawności faktury. W przypadku kontroli organy podatkowe w coraz większym stopniu weryfikują rzeczywistą treść operacji gospodarczej, a nie wyłącznie jej dokumentacyjną otoczkę. Oznacza to pytania o:

• umowy z kontrahentami, w tym aneksy i załączniki,
• zamówienia, potwierdzenia dostawy i protokoły odbioru,
• korespondencję handlową i mailową dotyczącą danej transakcji.

Brak umowy albo dokumentu potwierdzającego faktyczne wykonanie usługi to najczęstsza przyczyna zakwestionowania kosztu, nawet gdy faktura jest formalnie prawidłowa. Dotyczy to zwłaszcza usług niematerialnych – doradczych, marketingowych, IT – gdzie sama faktura nie dowodzi wykonania świadczenia.

Dokumentacja branżowa: przykład firm z sektora krypto

W przypadku podmiotów działających na rynku kryptowalut zakres żądanych dokumentów jest zwykle szerszy niż standardowy. Oprócz dokumentacji ogólnej w trakcie przebiegu kontroli urząd oczekuje:

• eksportów historii transakcji z giełd i portfeli, obejmujących pełny okres objęty kontrolą,
• dokumentacji potwierdzającej cenę nabycia i zbycia poszczególnych walut wirtualnych,
• potwierdzeń przewalutowania środków na złote, niezbędnych do ustalenia podstawy opodatkowania.

Brak takiej dokumentacji w formie możliwej do zweryfikowania praktycznie uniemożliwia obronę przyjętej metody rozliczenia i zwykle kończy się oszacowaniem dochodu przez organ po zakończeniu kontroli.

Jak się przygotować do kontroli skarbowej

Największym ryzykiem nie jest sam fakt kontroli, lecz brak czasu na uporządkowanie dokumentacji po jej wszczęciu. Warto na bieżąco:

• przechowywać umowy i korespondencję handlową dotyczącą faktur,
• archiwizować dokumenty w formie umożliwiającej szybkie wyszukanie po kontrahencie i okresie,
• weryfikować zgodność JPK z księgami przed każdym okresem rozliczeniowym, a nie dopiero na etapie kontroli.

Kontrolujący nie musi uzasadniać, dlaczego prosi o konkretny dokument. Wystarczy, że mieści się on w zakresie upoważnienia. Dlatego skuteczna obrona zaczyna się długo przed wszczęciem kontroli, na etapie codziennej pracy przedsiębiorcy i księgowości, a nie w momencie, gdy urzędnik już siedzi przy biurku wykonując czynności kontrolne.